「ザ・フライ」は、天才科学者セス・ブランドルが開発した物質転送機「テレポッド」の実験により、自身がハエと遺伝子レベルで融合してしまうという物語。転送実験に成功したセスは、力がみなぎり強靭になるが、次第に身体に異変が現れ、ハエの特性を持つようになる。恋人ヴェロニカの妊娠とその子供がハエの遺伝子を受け継いでいる可能性に恐怖し、セスは人間に戻ることを諦め、ヴェロニカと胎児との融合を画策する。しかし、その計画は失敗し、セスは完全なハエ人間と化す。最後には、ヴェロニカに自身を撃つよう懇願する。