海賊バルボッサからブラックパール号を奪い返したジャック・スパロウには、実は重大な秘密があった。13年前に、海の悪霊であるデイヴィ・ジョーンズと血の契約を交わしていたのである…！契約の内容は、ジャックがブラックパール号の船長になる代わりに、13年経ったら、ジョーンズのフライング・ダッチマン号で働き続けるというものであった。そして契約の期限は刻一刻と迫ってきて…？！一方のウィルとエリザベスも結婚目前で、海賊ジャックに加担した罪で逮捕されてしまう。釈放の条件はジャックが持つ「北を指さないコンパス」だと言われて…。ジャック、ウィル、エリザベスの運命は…？！