巨大迷路の謎を解き、外の世界への脱出に成功したトーマスたちだが、そこで待ち受けていたのは、さらなる試練だった！第2ステージとして彼らが集められたのは太陽に焼かれ、伝染病フレアが流行している地球だった。謎の組織WCKDによってある建物に運ばれたトーマス達だが、自分たちがいた場所の他にも迷路が存在していて、それをクリアした若者たちが集められていたことを知る。そこで知り合ったエリスと施設を探索していたトーマスが目にしたのは、チューブにつながれて体液を抜かれる若者たちだった。脱走を決意するトーマス達にさらなる危険が遅いかかる。