沖合にうかぶ人工島リトルハッピーではエマ・コリンズ博士が研究チームを組んでホホジロザメの研究をしながら過ごしていた。島は自然豊かで、人々は心穏やかに過ごしていたが、ある人物の登場でその状況が一変してしまう。それはエマの元恋人だった。彼は危険で獰猛なオオメジロザメ三匹を追っていたのだ。しかもその三匹の母親は遺伝子操作によって高い知能を得たベラだった。ベラの獰猛さと、賢さを受け継いでいるであろう三匹は非常に危険な存在であった…。島では犠牲者が次々に出て、パニックに陥っていく…！果たして人々は凶暴化したサメに打ち勝つことができるのか？！

「ディープ・ブルー3」は、巨大な人食いザメの恐怖を描いたパニックスリラーの第3弾です。前作で人々を震撼させた人食いザメ・ベラの子供たちが登場し、その頭の良さと恐るべきチームプレイで人間を追い詰めます。一度は小さな楽園だった場所は、彼らの登場により阿鼻叫喚の地と化します。観る者を驚愕させる展開が待ち受けています。