「阿羅漢」は、清朝時代の中国を舞台に、北少林寺の智北と南少林寺の智南が主人公。彼らは、総督赫索の武道弾圧政策により引き裂かれた少林寺の名誉を守るため、力を合わせて戦う。ある日、赫索を暗殺しようとしていた青燕を助け、彼女が捕らえられた際には、共に敵に立ち向かう。途中、敵対していたが、同じ少林寺の仲間であることを知り、友情を深める。最終的に、南北の少林寺の拳士たちが一体となり、赫索を倒す。