"スパイダーマン 3"は、ピーター・パーカーがスパイダーマンとして新たな脅威ヴェノム、ニュー･ゴブリン、サンドマンと戦う物語。順風満帆な日々を送っていたピーターは、愛するメリー・ジェーン・ワトソン(MJ)へのプロポーズを決意するが、親友ハリー・オズボーンの襲撃を受ける。さらに、叔父を殺害した真犯人フリント・マルコがサンドマンと化し、ピーターはブラック･スパイダーマンとなって彼と対峙する。最終的に、ピーターは改心したハリーの助けを得て、ヴェノムとサンドマンとの戦いに挑む。