霧を纏う謎の軍艦群「霧の艦隊」が世界各地に出現。搭載した超兵器で人類を攻撃し始めた。人類は持ちうる戦力を投入し最終決戦に臨むも、圧倒的な武力の前に敗れ去った。すべての海域、運搬経路を封鎖され、政治経済は崩壊。人類は疲弊の一途をたどっていた。

「劇場版 蒼き鋼のアルペジオ -アルス・ノヴァ-　Cadenza」は、SF海洋戦記の完結編となる劇場版第2弾です。多くの謎を秘めたストーリーが展開し、最終的にはここで完結します。物語は、霧の旗艦・ムサシと千早群像の父・翔像が現れ、人類がさらなる脅威に晒されるところから始まります。主人公の群像とイオナは、この戦いを生き残ることができるのか、その結末に注目が集まります。