ここはDen Cityと呼ばれるネットワークシステムが発達した都市。人々はSOLテクノロジー社が高度な技術で作り上げた「LINK VRAINS」というＶＲ世界で、デュエル体験を楽しんでいた。そんな「LINK VRAINS」がなどのハッカー集団・ハノイの騎士によって狙われた、彼らはサイバースというAiたちの世界を破壊しようとしていた。そんな胸囲に立ち向かったのは「Playmaker」という一人のデュエリストだ。彼の正体は高校生の藤木遊作。ハノイの騎士を倒した彼は事件の真相を探るためにハノイの騎士を追う。

「遊☆戯☆王VRAINS」は、世界中が熱狂する人気カードゲームのTVアニメシリーズ第6弾です。物語は、SOLテクノロジー社が開発したネットワーク技術により構築されたVR空間、LINK VRAINS（リンク ヴレインズ）を舞台に展開します。この空間では、人々が新たなデュエル体験に熱狂しています。現実とは異なるこの空間で、登場人物たちは様々な冒険と戦いを繰り広げ、視聴者を魅了します。