天才科学者・平賀と、古文書や暗号の解読に長けたロベルト。彼らは「奇跡」と呼ばれる現象の真偽を調査し、判別する「奇跡調査官」だ。強い信頼関係で結ばれた2人は、調査に訪れた先で奇怪な事件に巻き込まれながら、奇跡の真偽を見定めていく。

「バチカン奇跡調査官」は、藤木稟のゴシックミステリー小説が原作のアニメ作品です。物語は、天才神父のコンビが世界中で起こる奇跡現象や難事件を解き明かすというもの。不思議な現象の真相に迫るミステリアスな展開はもちろん、イケメン神父たちの日常的な姿やコミュニケーションも見どころの一つです。神秘的な事件を解決する彼らの活躍を通じて、視聴者はスリリングな物語に引き込まれます。