インデックスを追い狙うイギリス清教の手から、彼女を守り切った当麻は、その対戦で受けた後遺症で記憶がなくなってしまっていた。しかし、困っている人がいると救出に向かってしまう当麻だったので、数多くの当麻ファンができてしまう。ファンの勢力が強かったため様々な組織に危険視された当麻の元には、敵がいつも乗り込んでくるようになる。そんな中、「学園都市」の統括理事会の要請で当麻はフランスに向かった。そこで「学園都市」と世界との対立が何者かによって目論まれているという事実を知り、その敵と対戦することになった当麻。その頃、「学園都市」でも闇の組織が動き始めるのだった。

「とある魔術の禁書目録III」は、科学と魔術が三度交差する大ヒットサイエンス・ファンタジーの第3期です。主人公・上条当麻たちが第2期終盤で激闘を繰り広げた組織“神の右席”との戦いが、本作ではさらに激化します。さらに、上条、一方通行に続く主人公格キャラ・浜面仕上の活躍も見逃せません。物語は新たな局面へと進み、視聴者を引きつける展開が続きます。