宇宙世紀0096年後半。地球連邦政府は、メーメット中尉に特殊部隊「マスティマ」を編成させ、小惑星アクシズへの潜入・調査の命令を下した。そのメンバーに選ばれたアルレットとダントンだったが、彼女たちは基地内で新型ガンダムの強襲を受け…？

「機動戦士ガンダム Twilight AXIS 赤き残影」は、宇宙世紀0096年を舞台に展開される作品です。新型ガンダムを"敵"として描き、シリーズを通して連邦軍の軍人が主人公になることが多い中、本作の主人公は元ジオン軍人という新たな視点を提供します。"ガンダム"の脅威を知る彼らと新型ガンダムとの、緊迫感あふれる邂逅シーンは見どころの一つです。これまでのガンダムシリーズとは一線を画したストーリー展開が魅力の作品となっています。