速杉ハヤトはシンカリオンの適合者となった小学5年生。ある日に速杉家で北海道へやって来るが、そこで雪の怪物体が現れ、その攻撃にハヤトと父親のホクトが巻き込まれてしまう。その後、ハヤトが目覚めると傍には謎の少年がおり、代わりにホクトが行方不明になっていた。そして、ハヤトは口調から謎の少年がホクトの幼い頃の姿であることに気付く。一方、北海道支部では新たな脅威に対抗するためシンカリオALFA-Xの開発が進められており、ホクトが適合者であることが判明する。果たして、ハヤトは新たな脅威に打ち勝ち、ホクトを元の世界に帰せるのか。

「新幹線変形ロボ シンカリオン 神速のALFA-X」は、宇宙から現れた最強の敵と戦うチームシンカリオンの活躍を描いた作品です。人気シリーズ初の劇場版として、ハヤトの父・ホクトが9歳の姿で登場し、新たな次世代型シンカリオン「シンカリオン ALFA-X」が大活躍します。スケールの大きなストーリーが展開され、観る者を大興奮させます。