偵都ヨコハマに世の中を揺るがす『怪盗帝国』とそれを正す少女探偵団『ミルキィホームズ』が現れてから2年。ヨコハマの街にはつかの間の平穏が訪れていた。その街に住む常盤カズミと明神川アリスは幼馴染同士の12歳。違う探偵学院に通いつつも帰り道で落ち合うなど、毎日仲良く探偵になるための勉学に励んでいた。そんなある日、街で逃げ去る怪盗を見かけた2人。追いかけた先で彼女たちがみたものは・・・・・・？

「ふたりはミルキィホームズ」は、偵都ヨコハマを舞台に、世を揺るがす『怪盗帝国』とそれを正す少女探偵団『ミルキィホームズ』の活躍から2年後の物語。主人公の常盤カズミと明神川アリスは、12歳の幼馴染で、異なる探偵学院に通いながらも、毎日仲良く探偵になるための勉強に励んでいる。ある日、街で逃げ去る怪盗を見かけた2人が追いかけた先で見たものは…。平穏な日常とスリリングな事件が交錯する、少女たちの探偵物語。