インペルダウン編（1）

大監獄・インペルダウンに囚われているエースを救い出すため、動き出したルフィ。
大監獄を取り囲む軍艦の数におどろくルフィに、ハンコックはここが世界でもっとも危険な場所であり、おそらくエースは監獄の奥深くにいると教える。
その言葉を聞いたルフィは覚悟を決め、ハンコックの服の中に隠れて潜入を果たす。
インペルダウンの内部は、想像を絶する地獄。しかも監視電電虫が至るところにいて、映像はすべて監視モニターで写し出されている。
そしてエースの公開処刑は、33時間後に迫っていた！

インペルダウン編（2）
マゼランの毒によって瀕死の重傷を負い、レベル5に投獄されてしまったルフィ。
彼はボン・クレーの熱い友情と、謎の怪人・イワさんの能力によって、奇跡的にも一命を取り留める。
このイワさんことエンポリオ・イワンコフは、ホルモンを自在に操るホルホルの実の能力者。そして何と、ルフィの父である革命家・ドラゴンのかつての同志だった！
イワンコフはルフィに力を貸し、インペルダウンから脱出することを決意。
ところがルフィの前に、侵入してきた黒ひげ マーシャル・D・ティーチが現れる。

インペルダウン編（3）
海軍本部へ移送するため、牢獄から連れ去られたエース。それを追ってインペルダウンから脱出しようとするルフィたちの前に、毒人間の看守・マゼランが立ちはだかる！
大脱走を成功に導いたのは、ジンベエやイワンコフやMr.3、そしてボン・クレーを中心とした仲間たちの力だった。
その頃、マゼランの毒で瀕死だった黒ひげは、シリュウの持ってきた解毒剤でよみがえり、ひそかに手を結んでいた。
ルフィたちは海へと逃れて軍艦を奪うが、目の前には固く閉ざされた正義の門が立ちはだかり・・・。

「ワンピース インペルダウン編」は、ルフィが兄エースを救出するために世界最大の大監獄インペルダウンに潜入する物語。インペルダウンの所長マゼランや黒ひげとの戦い、かつての敵たちとの共闘、父・ドラゴンの仲間との出会いなど、刻一刻と迫るエースの処刑に向けてルフィが奮闘する。しかし、エースは海軍本部へ移送され、ルフィたちは大脱走を試みる。その途中で黒ひげとシリュウが手を結び、更なる困難が立ちはだかる。