茂野大吾は、いまも現役のプロ野球選手を父にもつ小学生。かつてメジャーリーグでも活躍した父親･吾郎に憧れて、少年野球チーム「三船ドルフィンズ」で野球を始める。しかし、二世ならではのプレッシャーのなか、思うように上達できず、1年足らずで野球をやめ、無気力な生活を送っていた。迎えた小学6年生の春、大吾の目の前に、アメリカから帰国したという転校生が現れる。転校生の名は、佐藤光。なんと光の父は、吾郎の盟友で元メジャーリーガーの佐藤寿也だった…。そして、少年たちの運命が動き出す!

「メジャーセカンド」は、プロ野球選手の息子である茂野大吾が主人公。父親に憧れて野球を始めるものの、プレッシャーから一度は野球をやめてしまう。しかし、父の盟友で元メジャーリーガーの息子、佐藤光との出会いが運命を変える。大吾は光との再会を誓い、風林学園中等部に進学。キャプテンとなった彼が率いる野球部は、女子ばかりのメンバーと新入生たち。彼らと共に、最強のバッテリーを目指す熱い野球物語が展開される。