あらゆる分野の超一流の高校生を集め、育て上げるために設立された、政府公認の特権的な学園「私立希望ヶ峰学園」。この学園には、超高校級の才能が集まる「本科」と、高い学費を払えば誰でも入れる「予備学科」が存在していた。才能だけではなく、性格も個性的な本科77期生。しかし彼らは才能のみに固執することなく、「人生に大切なことは、才能ではなく、人との関わりで人格を磨き、思い出を作ることである」ということを学び、それぞれ普通の高校生らしく学園生活を謳歌していく。しかし、水面下では謎のプロジェクトの遂行、学園による学科差別が横行していた。そして、才能を渇望した予備学科の少年･日向創。彼に起こる運命的な出会いが、学園を、未来を予測もつかない方向へ導いてしまう。これは、人類史上最大最悪の絶望的事件に至るまでの物語。絶望で終わる、希望の物語。

「ダンガンロンパ3 The End of 希望ヶ峰学園 絶望編」は、超一流の高校生が集まる特権的な学園「私立希望ヶ峰学園」を舞台に、才能と人間関係を重視する本科生と、才能を渇望する予備学科生の日向創の運命的な出会いが、学園と未来を予測もつかない方向へ導く物語。また、新任教師・雪染ちさの奔走を描き、人類史上最大最悪の絶望的事件に至るまでの絶望と希望の物語が展開される。