現代の裏側に存在する禍野 (まがの) には異形の化け物「ケガレ」が巣食う。それを祓い清め、人々を守るのが陰陽師である。才能がありながらも陰陽師になることを拒む焔魔堂 (えんまどう) ろくろは神託により陰陽師の夫婦に与えられる「双星 (そうせい)」の称号を得る。同じく双星となった化野紅緒 (あだしのべにお) は全てのケガレを祓うことを理想に掲げる少女であった。双星として戦いに巻き込まれていく中で、強くなりたいと真に願い戦い続ける紅緒を目の当たりにしたろくろは、「雛月の悲劇 (ひいなつきのひげき)」以降戦うことから逃げ続けていた自分の弱さと向き合う様になる。紅緒に刺激され目を逸らし続けていた過去と向き合ったろくろは再び陰陽師として戦うことを決意し、二人は共に「双星の陰陽師」として強大なケガレへと立ち向かう!

「双星の陰陽師」は、禍野に巣食う化け物「ケガレ」を祓う陰陽師の物語。主人公のろくろは才能がありながら陰陽師を拒むが、神託により「双星」の称号を得る。同じく双星となった紅緒は全てのケガレを祓うことを理想に掲げる少女。二人は双星として戦いに巻き込まれ、紅緒の真剣な戦いを見てろくろは自身の弱さと向き合い、再び陰陽師として戦うことを決意する。紅緒の兄、悠斗が雛月寮の虐殺の犯人と判明し、悠斗との決戦後、二人は十二天将を越えることを条件に神子を産むことを決意する。