――季節は遙が高校卒業を控えた3月。次のスターティングブロックに進むまでの早春の日々を4編のストーリーで綴る。未来に向かって歩み出した遙たちの、その後とは――?

「特別版 Free! Take Your Marks」は、高校卒業を控えた遙、真琴、凛、宗介の4人が新たな未来への準備を始める早春の日々を描く。一方、水泳部を引き継いだ渚、怜、愛一郎、百太郎は新たな部の始動に向けて奮闘。遙や凛の周りで起こる出来事に、岩鳶・鮫柄両校のメンバーたちは大騒ぎ。心温まる早春の物語から熱い水泳勝負まで、4篇の新作アニメーションが描く彼らの物語。