白凰女学院高等部に通う加藤茉莉香は、「私掠船免状」を持った合法の宇宙海賊。学業、宇宙ヨット部部長、喫茶店でのアルバイト、さらに、宇宙海賊船･弁天丸の船長と、毎日大忙しだ。3年生への進級を控えた春休みのある日、客船での海賊営業の仕事を請けた茉莉香は、乗客リストの中に銀河パス所有者の少年･無限彼方を見つけて…。海賊と少年の亜空を駆ける冒険が始まる!

「モーレツ宇宙海賊 ABYSS OF HYPERSPACE 亜空の深淵」は、合法の宇宙海賊である加藤茉莉香が主人公。学業、宇宙ヨット部部長、アルバイト、宇宙海賊船の船長と多忙な日々を送る彼女が、春休みに客船での海賊営業を請け、銀河パス所有者の少年・無限彼方を見つける。彼方の父である「亜空間ダイバー」の無限博士との約束を果たすため、海賊ショーの最中に彼に語り掛け、「亜空の流れ、その果ては何色か？」と問う。そこから、少年と海賊の亜空を駆ける冒険が始まる。