人とカバネの攻防戦が続く中、新たな戦いの地である"海門"にたどり着いた甲鉄城。志を同じくする者と連合軍を結成した生駒たちは、カバネとの激戦に挑むが...。

「甲鉄城のカバネリ 海門決戦」は、不死の怪物カバネが全世界を蔓延し、人類が絶望的な状況に立たされた時代を描く。甲鉄城に乗り込んだ生駒たちは、カバネとの熾烈な戦いを潜り抜け、新たな戦場である日本海に面する廃坑駅「海門」に到着。そこで、同じくカバネから「海門」を奪取しようとする者たちと連合軍を結成し、カバネ撃退の策を立てる。しかし、「海門」の地には予想外の"秘密"が隠されていた。