人間の体を巨大で凶暴な虫に変える奇病が確認されてから30年。虫を狩ることを生業とする駆除屋の青年は1人の少女と出会い、彼女の母親を捜し出すと約束する。

「虫籠のカガステル」は、人間が巨大な虫に変わる奇病「カガステル」が蔓延した21世紀末の世界を舞台に、虫を狩る駆除屋の青年キドウの物語。カガステルにより人類の2/3が食い殺された後の西暦2125年、キドウは虫に襲われ絶命寸前の男から、彼の娘イリを母タニアのもとへ連れて行くという使命を託される。この出会いが、キドウの運命を大きく変えていく。