原子力潜水艦が不審な状況で沈没し、民間ダイバーと海軍特殊部隊のチームが共同で捜索にあたる。嵐によって海面との連絡が絶たれる中、乗組員は知能を持つ未知の生物の存在に気づき始める。

「アビス」は、原子力潜水艦「モンタナ」が不可解な形で沈没した事件を描く。民間ダイバーと海軍特殊部隊が共同で捜索にあたるが、ハリケーンにより海面との連絡が絶たれ、海底石油プラットフォーム「ディープコア」は半壊。彼らは未知の海溝「アビス」で立ち往生し、核弾頭の秘密回収任務と高圧神経症に苦しむ特殊部隊の司令官との軋轢に直面する。そんな中、彼らは海底深くに棲息する未知の生命体と接触する。