警視庁勝どき署管内の、関連ビル地下に仮設置された『捜査資料管理室（仮）』に着任した明石幸男（瀧川英次）。主な仕事は、警視庁技術専門官として過去の捜査資料のデータ入力。つまり、捜査が終了して解決済みの事件の資料、「捜査報告書」「供述調書」「鑑識報告書」「死体検案書」「現場写真」など、保管されている紙資料全てをデジタル・データに置き換えて、新設される「警視庁捜査資料管理センター」のクラウド管理サーバーに保存していく。
捜査資料管理室（仮）には組織上6人が所属するが5人は他部署との兼務で、専属で常駐するのは明石ただ一人。直属の上司で署内唯一？の知り合いである室長（甲本雅裕）とも電話で話すだけの日々である。
小さいころから時刻表オタク、自分だけの世界で妄想することが好きだった明石は、小学生の時に読んだ松本清張『点と線』の“空白の4分間”がきっかけでミステリーにはまった。今回、捜査資料の現物という宝の山に囲まれる仕事に就いたことでその妄想癖が再燃、警察官でもないのに勝手に推理せずにはいられない。生真面目できちんと仕事を遂行しないと気が済まない几帳面な性格と、妄想推理への本能が明石の中でバッティングし、ぎりぎりせめぎ合っている。“捜査資料はミステリー作品ではない。捜査は終了している。仕事中に余計な推理はしないこと”とノートに記し、自分を制してはいるが、妄想の暴走を止められない。
この部屋には総務課の野添久美子巡査長（小橋めぐみ）や、刑事課見習いの柴田里香子巡査部長（向井地美音）がやってきて、時折、作業は中断されるが、それが推理の役に立つことも・・・。
気が付くと頭の中のことがすべて独り言として出てしまっている明石の妄想は、やがて事件の意外な真相（？）を導き出していくが・・・？

「警視庁捜査資料管理室(仮)」は、警視庁の技術専門官、明石幸男が過去の捜査資料をデジタル化する仕事を任される物語。明石は、解決済みの事件の資料をデータ化する中で、自身の妄想癖が再燃し、推理を始めてしまう。彼の妄想は、事件の意外な真相を導き出すこともある。しかし、その妄想は彼の仕事と衝突し、彼自身を追い詰める。この物語は、真面目で几帳面な明石が、自身の妄想と仕事の間で葛藤しながら、真実を追求する様子を描いている。