文久３（1863）年、京都――。お人好しの父・七也が営む小さな茶屋で働く深草丘十郎（奥智哉）は慎ましくも誠実に日々を生きていた。ところがある夜、その穏やかな日常が一変。店に逃げ込んできた佐幕派藩士をかくまった七也が、長州藩士の庄内玄悟に斬り殺されてしまったのだ。怒りに震える丘十郎は庄内ら一味を追うべく店を飛び出すが、そこに現れたひとりの男が丘十郎の思いを引き取るかのごとく藩士のひとりを鮮やかに斬り捨てた。彼は壬生浪士組局長・近藤勇（高野洸）と名乗り、丘十郎に「お父上の勇気に感謝する」と弔いの言葉をかけて去って行った。逃げた庄内への復讐を誓う丘十郎は、壬生浪士組への入隊を決意。隊士募集の張り紙を頼りに入隊試験の会場に乗り込むが、集まったのは渋皮喜平（簡秀吉）をはじめ、いずれも腕に覚えのある実力者ばかりで、刀を持つことすらおぼつかない丘十郎は試合に臨んでもまったく歯が立たない。それでも入隊をあきらめきれない丘十郎は、沖田総司（藤岡真威人）の指示により、応募者の中でも群を抜く剣の達人・鎌切大作（前田拳太郎）と対戦することとなるが…!?

「君とゆきて咲く ～新選組青春録」は、手塚治虫の隠れた名作を基にした新スタイルの時代劇。新選組隊士たちの青春を描き、脚本は坪田文、演出は河合勇人が務める。儚くも美しい青春群像を、次世代俳優たちが鮮烈に演じる。