事件を起こした警察官たちは、来る横浜G7サミットに向けた「VR訓練」を受け、マインドコントロール状態に陥っていた！捜査中に同じ訓練を受けた長谷部（ユースケ・サンタマリア）は、自宅に意味深なメッセージを残し、奥田（吉本実憂）の前から姿を消してしまう…。

一方、警察官たちの暴走を引き起こした「トリガー」の正体を探す小比類巻（ディーン・フジオカ）と最上（岸井ゆきの）。VRの開発に関与していたとされる脳科学者の雨宮を追うが、雨宮は11年前に表舞台から姿を消し、現在は行方不明となっていた。「トリガー」の正体が掴めない中、ついに小比類巻と最上の目の前で、警察官による第三の事件が起こる！

羽住英一郎監督による「パンドラの果実～科学犯罪捜査ファイル～【最新章SP】Season3」は、システム障害や大停電の原因究明に挑む科学犯罪対策室のメンバーを描く。最新科学に関わる事件を解決する特殊任務を持つこのチームは、警察官僚の小比類巻祐一（ディーン・フジオカ）や天才科学者の最上友紀子（岸井ゆきの）、ベテラン刑事の長谷部勉（ユースケ・サンタマリア）、新人捜査官の奥田玲音（吉本実憂）らで構成される。新キャラクターも登場し、最先端科学の謎を解き明かすストーリーが展開される。