科学警察研究所の法医第九研究室、通称“第九”（架空の組織）では、凶悪・重大犯罪において、被害者および犯人死亡の際、その脳を特殊なMRIスキャナーにかけ、生前の記憶を映像化する「MRI捜査」を行う。その映像は、死者が「見た」ものであるため、幻覚や病気、妄想、先入観をも映し出されてしまう。 類いまれな容姿に驚異的な記憶力と鋭い洞察力をもつ薪剛（まき　つよし）は、「第九」の創設メンバーで室長。ある事件により、親友であり同僚だった鈴木克洋（すずき　かつひろ）を亡くした薪の前に、鈴木にうり二つの新米捜査員・青木一行（あおき　いっこう）が配属されてくる。二人は、死者が最期まで秘めていた“想い”や“秘密”をも見てしまうことで、心に罪の意識と葛藤を抱きつつも、難事件を解決するために奮闘し、かけがえの無いバディとなっていく。