班長となり《管理職研修》を受けている浅輪直樹（井ノ原快彦）は、同じく研修中の刑事・近藤由紀夫（駿河太郎）と出会う。居合わせた国木田誠二（中村梅雀）によると、近藤は特命捜査６係の係長で、同じリーダーでも直樹とは真逆のタイプだという。そんな中、直樹をはじめ、村瀬志保（羽田美智子）、青柳靖（吹越満）、矢沢英明（田口浩正）、高尾由真（深川麻衣）らの電話が一斉に鳴ることに。

「特捜9　final season」は井ノ原快彦主演の人気刑事ものドラマ「特捜9」シリーズの最終シリーズとなります。本作品は「特捜9」の前身である「警視庁捜査一課9係」から続くストーリーの集大成といえる位置づけです。一話完結で途中からでも見やすい構成が特徴ですが、最終回に向けてどんどん話が盛り上がっていくので、本シリーズは最初からしっかり見ることをおすすめします。