ピーター・パーカーは、ちょっとサエナい高校生。正義感は強いが、女子にはモテない。両親は彼が幼いときに謎の失踪をとげ、以来ベンとメイの伯父夫婦に育てられてきた。ある日ピーターは父の消息を探るため、オズコープ社で遺伝子を研究するコナーズ博士を訪ね、実験中の蜘蛛にかまれてしまう。翌日、ピーターの人生は激変する。蜘蛛のように自由自在に動き回れるパワーとスピード、超感覚で危険を感知する "スパイダーセンス"を身につけたのだ。ピーターはその能力で悪と闘い、"スパイダーマン"と呼ばれるスーパーヒーローとなる。

「アメイジング・スパイダーマン」は、高校生ピーター・パーカーが蜘蛛にかまれたことで超人的な能力を得、スーパーヒーロー"スパイダーマン"となる物語。両親の失踪の謎を追い、父の研究者仲間コナーズ博士と接触する。しかし、博士は自身の開発した薬品でトカゲの怪物リザードに変身。ピーターはスパイダーマンとして彼を止めるために奮闘する。家族の愛と正義感を胸に、ピーターの成長と戦いが描かれる。