月日は流れ、自然を愛するハルサーエイカーは世代交代を迎えていた。永い眠りから覚醒したサマリタン・ドブーとチリーは、使えないが、憎めない手下アミーゴと供にクガニ（黄金）野菜を探し出そうとしていた。新生エイカーズは大地を守れるのか？農具の精霊の戦いが再び始まる。

「エイカーズ グランドマスター」は、自然を愛するハルサーエイカーの世代交代を描く物語。主人公は中学生のハルサーエイカーの末裔、田路由宇。彼は自身がエイカーズの素質を持つことを知り、新たなノーグ・カマーの歌郎を誕生させる。しかし、歌郎の反抗的な態度に田路家は困惑する。一方、長い眠りから覚めたサマリタン・ドブーとチリーは、黄金野菜を食べてパワーアップし、沖縄を滅ぼそうと企む。新生エイカーズは大地を守れるのか、農具の精霊の戦いが再び始まる。