ホワイトハウスで勲章を受け取ることになったフィン。だが再び現れたシャークネードが猛威を振るい、ワシントンD.C.は壊滅する。その頃、フィンの妻たちが訪れていたユニバーサル・スタジオ・フロリダにもサメが押し寄せ、園内は地獄絵図と化していた。

「シャークネード　エクストリーム・ミッション」は、人気シリーズ第3弾で、アメリカ合衆国が壊滅の危機に瀕しています。シャークネードという現象が猛威を振るい、超凶暴なサメたちがアメリカ全体を破壊しかねない状況になっています。そんな中、シャークハンターたちは、この危機を救うべく、宇宙規模の戦いに挑んでいきます。サメとの壮絶な戦いが繰り広げられる中、彼らは果たしてアメリカを救うことができるのでしょうか。