京の町では、武田家の忍術の名人・知道軒道人が織田信長の命を狙っているという噂が流れていた。そんななか、上野の伊賀者・吐根は信長に知道軒の命と引き換えに自身を五百石で雇えと売り込む。信長は喜兵次という忍者と共に五百石を争わせることにする。

「第三の忍者」は、信長の命を狙う暗殺者と戦う3人の伊賀忍者の物語です。彼らは頭脳と技を駆使し、忍法アクションで敵を迎え撃ちます。その中で、“第三の忍者”とは何者なのかというミステリーが展開され、視聴者を引きつけます。主演の里見浩太朗、南原宏治、佐藤慶が見せる圧巻の立ち回りも見どころの一つです。忍法推理活劇として、アクションとミステリーの要素を巧みに組み合わせた作品となっています。