豊かな緑に囲まれた海辺の家でミツバチの世話をしながら、穏やかな晩年を送っているシャーロック・ホームズ。だがホームズには、死ぬ前にどうしても解かなければならない謎があった。30年前、優秀な助手にして記録係のワトスンが結婚してホームズのもとを去った日、ある男から奇妙な調査依頼が舞い込んだ。彼の妻が音楽教師の開く怪しげなレッスンで、亡くなった子供たちと“会話”しているというのだ。ホームズが尾行を始めると、彼女は夫の筆跡を偽造した小切手で預金をおろし、薬局で毒性の強い薬を購入する。夫の殺害計画かに見えた事態は思わぬ方へ転がり、ホームズは人生最大の失敗を犯して引退に追い込まれ、事件は未解決となってしまった。推理のカギを握る日本への旅から帰国したホームズは、家政婦の息子で10歳のロジャーに探偵の資質があることを見抜き、彼を助手にいよいよ捜査を再開するのだが―。

"Mr.ホームズ 名探偵最後の事件"は、晩年のシャーロック・ホームズが30年前の未解決事件に挑む物語。ホームズは海辺の家で静かな生活を送りながら、ある男からの奇妙な調査依頼を思い出す。その依頼は、男の妻が亡くなった子供たちと"会話"しているというものだった。ホームズは彼女が夫の筆跡を偽造し、毒薬を購入する様子を目撃し、夫の殺害計画かと思われたが、事態は思わぬ方向へ転がり、ホームズは引退を余儀なくされる。しかし、家政婦の息子ロジャーの探偵の資質を見抜き、再び捜査を開始する。