敏腕不動産デベロッパーのトム・ポッパー。彼は仕事最優先の日々を過ごした結果、妻と子供たちに見限られ家庭崩壊の危機に陥っていた。ある日、彼は音信不通だった父親からの本物のペンギンを遺産として相続することに！　彼は南極へ送り返そうとするのだが、大暴れするペンギンたちに悪戦苦闘する。さらに彼の元を訪れた別居中の家族に、ペンギンを隠していたことがバレてしまう。しかし、子供たちはペンギンたちに大興奮！　そんな子供の姿を見たトムは、父の威厳を取り戻すべくペンギンたちとの共同生活を始めるのだが…！

「空飛ぶペンギン」は、仕事一筋の不動産デベロッパー、トム・ポッパーが家庭崩壊の危機に立たされる物語。ある日、父親から遺産として本物のペンギンを相続し、彼は大暴れするペンギンたちを南極へ送り返そうとするが、別居中の家族にペンギンの存在がバレてしまう。しかし、子供たちはペンギンたちに大興奮。トムは父の威厳を取り戻すべく、ペンギンたちとの共同生活を始める。仕事か家庭かペンギンか、そして父が残したペンギンの意味とは？