「荒野の用心棒」は、ニューメキシコの小さな町で対立する二人のボスの間に現れた流れ者のガンマン、ジョーの物語。町ではドン・ミゲル・ベニート・ロホスとジョン・バクスター保安官の2大勢力が縄張り争いを繰り広げている。ジョーは、この争いを利用して自身の利益を追求し、同時に町の秩序を回復しようとする。しかし、彼の行動はラモンとその一味による機関銃襲撃や人質交換など、さまざまな困難を引き起こす。最終的に、ジョーは自身の命を賭けて町を救う決断をする。