あらすじ

ニューヨークを混乱させたフット軍団の首領シュレッダーを倒して、刑務所に送り込んだレオナルド、ラファエロ、ミケランジェロ、ドナテロのミュータント・ニンジャ・タートルズ。だが、シュレッダーが脱獄し、さらに悪の帝王クランゲが異次元から出現する。

あらすじ

テレビレポーターのエイプリルは、人々を震撼させる悪漢シュレッダーの軍団を撃退する謎の4人組を目撃。やがて、その正体が飛躍的進化を遂げた亀で、自身と深い関係があるのを知る。4人と心を通わせる中、シュレッダーが彼らのアジトを襲撃してくる。