あらすじ

鉄道好きの中学2年生・大成タイセイは、行方不明の姉、イナの手がかりを求めて進開学園へと転入する。九頭竜リョータ、青梅マイと出会い、2人が所属する鉄道部で 心を躍らせている矢先、街には10年ぶりにアンノウンが出現。偶然にもタイセイがシンカリオン運転士として高い適性値を持つことが判明し、闘う決断を迫られることとなる。

あらすじ

シオンに導かれながらガイアタワーを目指すイツキとスバル。二人の前に立ちふさがったのは、デジフレが変化した存在・シェイド。コスモスファングとマスカレードゴーストの力を借りながら、目の前に現れたシェイドを打ち倒していく。素性を隠しながら住民に状況を説明しようとすると、助けを求める声が。だが、駆けつけようにも間に合わない！　絶体絶命の危機を救ったのは……。一方、ヒイロやマルグリットの要請で、歴戦のシャドバプレイヤーたちがシェイドとの戦いに協力。伝説のカードが待つ、シャドバカレッジに集まろうとしていた。