あらすじ

エヴァンゲリオン初号機のパイロットである碇シンジにより、最後のシ者である渚カヲルは駆逐された。 そして平和が再び戻ってきたように見えたが、第三新東京市に存在する特務機関ネルフは謎の武装集団に襲われてしまう。碇シンジは、信頼していたカヲルを手にかけてしまったことから塞ぎ込んでいた。 その他のパイロットも今や戦える状態ではない。ネルフの戦闘指揮官である葛城ミサトはシンジが武装集団に銃を突きつけられているところを発見。 その場にいた男たちを射殺し、シンジを助ける。しかしシンジは心を閉ざしたままである。そんなシンジにミサトは怒鳴り出す。