あらすじ

G.I.ジョーの活躍によってコブラのナノマイトを使った計画は阻止され、コブラコマンダーは逮捕されていた。しかしコブラのザルタンがアメリカ合衆国の大統領に変装し、G.I.ジョーの抹殺命令を出したため、パキスタンで任務についていたG.I.ジョーのメンバーは壊滅状態に陥ってしまう…！さらに、コブラマンダーは、コブラのメンバーの助けで脱獄し、G.I.ジョーは絶体絶命のピンチに陥ってしまう…。そこで伝説のG.I.ジョー初代司令官のジョー・コルトンに助けを求める！G.I.ジョーのメンバーたちはコブラの魔の手から再び世界を救うことができるのか？！

あらすじ

かつての同僚・ターナー少佐がスパイ容疑で逮捕されたのを知るも、彼女が無実だと直感した元陸軍内部調査班捜査官・リーチャー。拘置されたターナーを救い出して調べを進める中、軍内部でうごめく陰謀の存在が浮上する。だが、それを機に命を狙われるように。