あらすじ

数少ない生存圏のひとつであるハワイ島がフェストゥムに襲撃され、新国連は生存者の残る島を焼き尽くす。その爆心地近くで、ひとりの少女が1体のフェストゥムに守られているのが発見される。それから1年が経った西暦2151年。竜宮島に住む人たちは平和な毎日を過ごしていた。真壁一騎はファフナーのパイロットを引退し、後輩に引き継いでいる。しかし竜宮島の「皆城織姫」が目覚め、派遣部隊の危機を知った一騎と総士は封印された機体・マークザインとマークニヒトに乗り、救援に向かうことに。己の命を使うことで敵を撃退する2人。新たな戦いの日々が始まる。

あらすじ

ミールとシュリーナガルを出た一騎たち派遣部隊を待っていたのは、新国連軍が発動した「交戦規定アルファ」による人間からの攻撃だった。フェストゥム、そして人間からも逃れる派遣部隊はどんどん疲弊していく。一方、「皆城織姫」の覚醒により新たな能力に目覚める竜宮島のパイロットたち。その中の1人・カノンは未来が視える能力を得る。竜宮島が壊滅してしまう未来を視てしまったカノンは、ひとり孤独な戦いへと向かっていく。カノンの命と引き換えにして、一騎は竜宮島と合流。新たなアルタイルとの対話のために「第四次蒼穹作戦」を発動するが…。