あらすじ
数少ない生存圏のひとつであるハワイ島がフェストゥムに襲撃され、新国連は生存者の残る島を焼き尽くす。その爆心地近くで、ひとりの少女が1体のフェストゥムに守られているのが発見される。それから1年が経った西暦2151年。竜宮島に住む人たちは平和な毎日を過ごしていた。真壁一騎はファフナーのパイロットを引退し、後輩に引き継いでいる。しかし竜宮島の「皆城織姫」が目覚め、派遣部隊の危機を知った一騎と総士は封印された機体・マークザインとマークニヒトに乗り、救援に向かうことに。己の命を使うことで敵を撃退する2人。新たな戦いの日々が始まる。