あらすじ

アラモスタウンへやってきたサトシたちは、アリスという女性と出会う。彼女に案内されて「時空の塔」のある庭園を訪れるが、そこは何者かに荒らされていた。町の有力者・アルベルト男爵は、幻のポケモン・ダークライの仕業だと自信ありげに断言するが…。

あらすじ

宇宙人である天人の圧力から開国した江戸では、かつて力をもっていた侍たちは時代遅れのものになっていた。しかしそんな時代でも侍魂を失わない坂田銀時という変わった男と出会った少年新八は、天人の神楽と三人で銀時が経営する万事屋で依頼をこなす日々だった。ある日、万事屋の元に、銀時のかつての仲間であり、攘夷志士の桂が辻斬りに遭ったという情報が入ってくる。さらに万事屋には盗まれた妖刀「紅桜」を取り戻してほしいという依頼も舞い込んでくる。複雑に絡み合う二つの事件に隠された真相に万事屋メンバーが立ち向かう！