池上彰が沖縄の山中で沖縄戦の遺骨を掘る。そして、石垣島で自衛隊配備に対する賛否双方の意思に触れ、肉親を目の前で失った戦争体験や、集団自決が起きた証言を聞き取る。沖縄戦を捉え直すと共に、池上彰自身が沖縄を学び、視聴者と共に気づきを得る。

「池上彰も知らない慰霊の日のこと」は、戦後処理が未だ終わらない沖縄の現実を描いた作品です。毎年6月23日の「慰霊の日」に焦点を当て、なぜこの日が休日に定められ、なぜ祈りを捧げるのかを探求します。池上彰が沖縄県民と共に慰霊の日に向き合い、新たな史実に出会う様子を描きます。また、沖縄県出身のゲストも出演し、地元の声を直接伝える役割を果たします。