物心ついた時から施設で暮らし、両親の顔も知らない天涯孤独の女の子・中山ひなこ。ある日、彼女の前に「ひかる」と名乗る双子の兄が現れる。そして彼女は、県下一のヤンキー校として名高い男子校・私立獅子吼学園に通うことになってしまう。

「喧嘩番長 乙女 -Girl Beats Boys-」は、スパイク・チュンソフト原作の恋愛アドベンチャーゲームがアニメ化された作品です。物語は、双子の兄に代わって男子校に通う主人公と、イケメンヤンキーたちとの交流を描いています。主人公はヤンキーたちに負けない腕っぷしを持ち、その活躍が見どころとなっています。恋愛要素とアクションが融合したこの作品は、ヤンキー文化と女性の強さを描いた新感覚のアニメです。