黒ずくめの組織に所属する科学者・宮野志保――コードネーム・シェリーは、組織を裏切り自身が開発した毒薬APTX（アポトキシン）4869を飲み幼児化。以降は灰原哀を名乗り身を隠していた。しかし組織を裏切った彼女に、少しずつ組織の影が迫る。

「総集編「名探偵コナン 灰原哀物語～黒鉄のミステリートレイン～」」は、テレビシリーズ「漆黒の特急」を再編集し、灰原哀の過去と新規映像を加えた特別編集版です。灰原哀の過去を復習しながら、新規映像を通じてキャラクターの深層を掘り下げることができます。また、劇場版『名探偵コナン 黒鉄の魚影』を観る前にも最適な作品となっています。これまでのエピソードと新たな映像が融合したこの作品は、灰原哀の魅力を再発見できる一作と言えるでしょう。