あらすじ

金属生命体「トランスフォーマー」の善軍「オートボット」と悪軍「ディセプティコン」の戦いで、オートボットは敗北へと追い詰められていた。最後の希望として1隻の宇宙船を脱出させるも攻撃を受けて月へ墜落させられてしまった。月面で何か動きがあったことに気が付いた同時のアメリカ大統領ジョン・F・ケネディと国防長は、ソ連よりも先にその真相を突き止めようと宇宙飛行士たちに極秘任務を言い渡す。そして現代になり、2度も地球救っているサムは、FBIに指名手配されており就職がなかなか決まらない。その頃、ロシアの情報を手に入れた「N.E.S.T」とオートボットは…。