あらすじ

速杉ハヤトは鉄道好きの小学5年生。冬休みのある日に父・速杉ホクトが仕事場のIDカードを忘れたことから、届けるために勤め先の鉄道博物館へ向かう。すると、ハヤトは博物館の地下へ迷い込んでしまい、そこでホクトが巨大怪物体と戦う組織に所属していたことを知る。そんな巨大怪物体の対抗策として、新幹線を変型させたロボット「シンカリオン」が準備されており、ハヤトは偶然にも適合者であることが判明する。そして、ハヤトはホクトの役に立てるならと言って、シンカリオンの操縦者となるのだった。巨大怪物体に立ち向かうハヤトの日々はどうなっていくのか。