あらすじ

人類を支配しようとするコンピューターとの戦いを続けるネオ。ネオは、意識を失い、現実と仮想現実の間をさまよっていたが、仲間たちの力で現実の世界へと戻ることに成功する。コンピューターは、人類最後の都市・ザイオンを破滅させようと、ロボット兵での猛攻を始めていた。 仲間たちは、急いでザイオンへ向かおうとする。しかし、ネオは自らが見た幻影に従い、マシン・シティ（機械都市）の中心部へ行くことを決めるのだった。やがて、元エージェントのスミスがネオの前に立ちはだかる。スミスは、コンピューターをも凌駕する圧倒的なパワーを獲得しており――。