あらすじ
異形の敵「ネウロイ」に対抗するため世界各国が連合軍を組んだ。ただし、連合軍のメンバーになることが出来るのは特殊な魔力を持った少女たちだけだった。主人公の宮藤芳佳はその一人。扶桑皇国から欧州に派遣された。各国から集められたエース達と共にガリア地方のネウロイ撃退に見事に成功し、大切な仲間たちを得た。アニメ1期での統合戦闘航空団(ストライクウィッチーズ)の活躍から半年経ち、平和な日々が続いていた欧州に再びネウロイが現れた。突然のネウロイの脅威におびえる欧州を救うべく、「ストライクウィッチーズ」は再び空へ!