【第27作目】今回のバトルフィールドは首都･東京。ランドマークである東京タワーをはじめ、国会議事堂、六本木ヒルズなど東京の名所を中心に三大怪獣が激突。ゴジラのDNAから作られ、前作でゴジラをあと一歩のところまで追いつめた「機龍」と5年ぶりに復活した小美人とともにあらわれたモスラ、そしてゴジラが激突し、メガトン級の超バトルが繰り広げられる。

「ゴジラxモスラxメカゴジラ 東京SOS」は、東京を舞台に三大怪獣が激突する物語。ゴジラのDNAから作られた「機龍」、5年ぶりに復活したモスラと共にゴジラが再び東京に現れる。小美人たちはゴジラの骨を海に返すよう訴え、その代わりにモスラがゴジラを食い止めることを約束する。しかし、政府はこの請願を棄却し、機龍の整備を急がせる。ゴジラとの死闘の中、モスラが焼死し、機龍も制御不能に陥るが、再起動を果たす。親モスラの遺した卵から孵った双子の幼虫がゴジラの動きを封じ、機龍はゴジラを抱えて海へ身を投げ、2頭のゴジラは静かに太平洋の深海へ沈む。