あらすじ

薫を追いかけて船から海に飛び込み砂浜に打ち上げられた剣心。そこで比古清十郎と再会する。剣心は丸3日眠っていたが、薫が生きている保証はないと聞き落胆し、飛天御剣竜の奥義の伝授を比古に願い出る。その頃志々雄の乗った船が東京湾に到着し、政府重役たちとの会合が行われ剣心を指名手配にする。剣心は師匠から奥義を伝授されるが、足りないものがあることに気づかされる。その後奥義の心得を得て志々雄のもとへ向かうが、東京に戻ると警察の集団たちに囲まれ抵抗せずにとらわれるままになる。東京湾では剣心のさらし首の準備が進む中、ついに志々雄との決着の時なる！

あらすじ

薫らとともに穏やかな日々を過ごしていた剣心だが新政府からある任務を与えられる。それは志々雄という剣心の後継者として人斬りを務めていた男を打つようにという命。志々雄は、新政府の裏切りにより斬殺され焼かれたと思われていたが、奇跡的に生きていた。自分が人斬りを止めたことで新たな人斬りを生み、責任を感じた剣心は政府の要請を引き受けるものの、志々雄は戦闘集団を結成して新政府への復讐に闘志を燃やしている。薫の反対を押し切って彼は京都へ向かう。途中刀を盗まれたり折られたりすることもありながら役目を果たすため旅を続ける剣心。志々雄の暴走を止めることは果たしてできるのか？！