文久三年、武州多摩で剣術の道場を開く近藤勇は、土方歳三や沖田総司らと浪士隊に志願し、京へと向かった。その隊には水戸浪士の芹沢鴨らも参加していたが、江戸逆戻りの命に背いた近藤らは松平肥後守御預けとなり、新選組が誕生する。やがて芹沢の狼藉が目立つようになり、近藤らによる芹沢派一掃が行われた。これを機に組内の実権は近藤にわたり、洛中に名を轟かせはじめた新選組は池田屋事件へと向かっていくのだった。

「新撰組」は、文久三年に剣術道場を開いた近藤勇が土方歳三や沖田総司らと共に浪士隊に志願し、京都へ向かうところから物語が始まる。隊には水戸浪士の芹沢鴨らも参加していたが、江戸逆戻りの命に背いた近藤らは松平肥後守御預けとなり、新選組が誕生する。芹沢の狼藉が目立つようになり、近藤らによる芹沢派一掃が行われ、組内の実権は近藤に移る。新選組は洛中に名を轟かせ、池田屋事件へと向かっていく。最後まで幕府のために働く近藤は、幕府の衰亡と共に処刑されるまでの生涯を描いている。